Coverage for chemreac/util/tests/test_stoich : 100%

# -*- coding: utf-8 -*- 

from collections import OrderedDict 

import numpy as np 

from chemreac.util.stoich import ( 

    get_coeff_mtx, decompose_yield_into_rate_coeffs, 

    identify_equilibria 

) 

def test_get_coeff_mtx(): 

    r = [ 

        ({'A': 1},       {'B': 1}), 

        ({'A': 1, 'B': 1}, {'C': 2}) 

    ] 

    A = get_coeff_mtx('ABC', r) 

    Aref = np.array([ 

        [-1, -1], 

        [1, -1], 

        [0,  2] 

    ]) 

    assert np.allclose(A, Aref) 

def test_decompose_yield_into_rate_coeffs(): 

    gamma_yields = OrderedDict([ 

        ('OH-', 0.5), 

        ('H2O2', 0.7), 

        ('OH', 2.7), 

        ('H2', 0.45), 

        ('H', 0.66), 

        ('H+', 3.1), 

        ('HO2', 0.02), 

        ('e-aq', 2.6), 

        # H2O: -4.64 

    ]) 

    stoichs = [ 

        ({'H2O': 1}, {'H+': 1, 'OH-': 1}), 

        ({'H2O': 1}, {'H+': 1, 'e-aq': 1, 'OH': 1}), 

        ({'H2O': 2}, {'H': 2, 'H2O2': 1}), 

        ({'H2O': 2}, {'H2': 1, 'H2O2': 1}), 

        ({'H2O': 2}, {'H2': 1, 'OH': 2}), 

        ({'H2O': 4}, {'H2': 3, 'HO2': 2}), 

    ] 

    k = decompose_yield_into_rate_coeffs(gamma_yields, stoichs) 

    k_ref = [0.5, 2.6, 0.33, 0.37, 0.05, 0.01] 

    assert np.allclose(k, k_ref) 

    G_H2O = sum(-reac['H2O']*k[i] for 

                i, (reac, prod) in enumerate(stoichs)) 

    assert abs(G_H2O+4.64) < 1e-3 

def test_decompose_yield_into_rate_coeffs_2(): 

    yields = OrderedDict([ 

        ('B', 3.0), 

        ('C', 24.0) 

    ]) 

    stoichs = [ 

        ({'A': 2}, {'B': 1, 'C': 1}), 

        ({'A': 1}, {'C': 3}) 

    ] 

    k = decompose_yield_into_rate_coeffs(yields, stoichs) 

    k_ref = [3, 7] 

    rtol = 1e-12 

    for a, b in zip(k, k_ref): 

        assert abs(a-b) < abs(a*rtol) 

def test_identify_equilibria(): 

    assert identify_equilibria([[0, 0], [1]], [[1], [0, 0]]) == set([(0, 1)]) 

    assert identify_equilibria([ 

        [0], [0, 1], [2, 3] 

    ], [ 

        [1], [2, 3], [0, 1] 

    ]) == set([(1, 2)]) 

    assert identify_equilibria([ 

        [0, 1], [2], [3, 4] 

    ], [ 

        [2], [3, 4], [2] 

    ]) == set([(1, 2)])